ทางการอิรักนับตัวซัดดัมและอดีตเจ้าหน้าที่อิรักอื่นอีกเจ็ดคนขึ้นพิจารณาเมื่อวันที่ 19 ตุลาคม พ.ศ. 2548 สี่วันหลังการลงประชามติรับรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ของอิรัก 15 ตุลาคม พ.ศ. 2548 ศาลเจาะจงข้อกล่าวหาด้วยการสังหารมุสลิมชีอะฮ์ 148 คนจากดูเญล เพื่อเป็นการแก้แค้นความพยายามลอบสังหารที่ล้มเหลวเมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม พ.ศ. 2525 ผู้สนับสนุนซัดดัมประท้วงต่อต้านการพิจารณาในตีกริต[17]

ในการปรากฏตัวก่อนพิจารณา ที่การเปิดการพิจารณาวันที่ 19 ตุลาคม ซัดดัมดูท้าทาย เขาปฏิเสธความชอบธรรมของศาลและเอกราชจากการควบคุมของการยึดครองต่างชาติ ซัดดัมประกาศว่า "ผมไม่ตอบสนองต่อสิ่งที่เรียกว่าศาลนี้ ด้วยความเคารพทั้งหมดต่อประชาชน ผมถือสิทธิตามรัฐธรรมนูญของผมในฐานะประธานาธิบดีอิรัก" เขาเสริมว่า "ผมทั้งไม่ยอมรับหน่วยงานซึ่งจัดตั้งและให้อำนาจคุณ และการรุกราน เพราะทั้งหมดที่ตั้งอยู่บนรากฐานที่ผิดย่อมผิด"[18]

เมื่อผู้พิพากษาถามชื่อเขา ซัดดัมปฏิเสธ โดยว่า "ผมเป็นประธานาธิบดีแห่งอิรัก" เขาย้อนถาม โดยถามผู้พิพากษาชาวเคิร์ดริซการ์ โมฮัมเหม็ด อามิน "แล้วคุณล่ะเป็นใคร ผมอยากทราบว่าคุณเป็นใคร" เมื่ออามินเรียกซัดดัมว่าเป็น "อดีตประธานาธิบดี" ซัดดัมปฏิเสธอย่างเฉียบขาด โดยว่า เขายังเป็นประธานาธิบดีแห่งสาธารณรัฐอิรัก และยังไม่ถูกขับจากตำแหน่ง

หลังมีการอ่านข้อกล่าวหาให้จำเลยฟัง จำเลยทั้งแปดคนต่างแก้ต่างว่าตนไม่มีความผิด การพิจารณาซัดดัมสมัยแรกกินเวลาสามชั่วโมง ศาลเลื่อนการพิจารณาไปเป็นวันที่ 28 พฤศจิกายน พ.ศ. 2548 เพราะพยานบางคนกลัวเกินกว่าจะเข้าร่วม และอนุญาตให้จำเลยมีเวลาศึกษาหลักฐานมากขึ้น[19] ระหว่างการให้สัมภาษณ์ต่อสำนักข่าวอาหรับอัลอาราบิยาหลังการเปิดการพิจารณา บุตรสาวคนโตสุดของซัดดัม รากัด เรียกศาลว่าเป็น "ละครตลก" และอ้างว่าบิดาของเธอวางตัวเช่น "สิงโต" ระหว่างกระบวนการ "พ่อของฉันกล้าหาญ เป็นสิงโต ฉันภูมิใจในตัวท่านมาก" เธอกล่าว "ท่านเป็นชายผู้อุทิศชีวิตเพื่อรับใช้ประเทศของท่าน ท่านกล้าหาญในวัยหนุ่ม แล้วท่านจะมากลัวในยามนี้ได้อย่างไร" เธอเสริม

เมื่อถึงวันที่ 28 พฤศจิกายน พ.ศ. 2548 หัวหน้าผู้พิพากษาริซการ์ โมฮัมเหม็ด อามินเลื่อนการพิจารณาไปเป็นวันที่ 5 ธันวาคม เพื่อหาคนมาแทนทนายฝ่ายจำเลยสองคนที่เสียชีวิตและอีกคนหนึ่งซึ่งหลบหนีออกนอกประเทศหลังเขาได้รับบาดเจ็บ วันที่ 5 ธันวาคม ทีมกฎหมายฝ่ายจำเลยของซัดดัมออกจากศาลไปด้วยความโกรธหลังตั้งคำถามถึงความชอบธรรมของศาล และถามเกี่ยวกับการคืนเอกสารฝ่ายจำเลยที่กองทัพสหรัฐยึดไปและปัญหาความปลอดภัยเกี่ยวกับการคุ้มครองจำเลย ซัดดัมกับจำเลยร่วมต่อว่าหัวหน้าผู้พิพากษาอามินและศาล วันรุ่งขึ้น หลังฟังคำให้การต่อเขาหลายชั่วโมง เขาระเบิดคำพูดใส่ผู้พิพากษา เขาบอกว่าเขาเหนื่อย เขาไม่ต้องการกลับมาพิจารณาอีก และ "ไปลงนรกซะ"

วันที่ 23 มกราคม พ.ศ. 2549 ราอูฟ ราชิด อาบิด อัล-เราะห์มานได้รับเสนอชื่อเป็นหัวหน้าผู้พิพากษาศาลชั่วคราว เขาดำรงตำแหน่งแทนอดีตหัวหน้าผู้พิพากษาริซการ์ โมฮัมเหม็ด อามิน ซึ่งเป็นชาวเคิร์ดเช่นเดียวกัน ผู้ลาออกหลังไม่พอใจที่รัฐบาลเข้าแทรกแซง[20] ซัดดัมและจำเลยร่วมคัดค้านการเปลี่ยนตัวผู้พิพากษา โดยอ้างอคติหลังเขาสั่งให้จำเลยคนหนึ่งออกจากศาล[21] และประกาศว่าพวกเขาจะคว่ำบาตรการพิจารณาภายใต้เราะห์มาน

วันที่ 29 มกราคม พ.ศ. 2549 การพิจารณาอยู่ในภาวะยุ่งเหยิงหลังสมัยห้องพิจารณาคดีซึ่งจำเลยคนหนึ่งถูกยามลากตัวออกไป ทำให้ทีมกฎหมายฝ่ายจำเลยเดินออก และซัดดัมถูกขับออกมาหลังใช้ภาษาหยาบคายกับหัวหน้าผู้พิพากษา เมื่อความสงบกลับคืนมาอีกครั้ง มีจำเลยเพียงครึ่งเดียวและไม่มีทีมกฎหมายฝ่ายจำเลยมาพิจารณาเลย[22]

วันที่ 19 มิถุนายน พ.ศ. 2549 หัวหน้าอัยการเรียกร้องโทษประหารชีวิตแก่ซัดดัมและจำเลยอีกสี่คน ผู้ต้องสงสัยจะถูกประหารชีวิตด้วยการแขวนคอหากถูกพิพากษาว่ามีความผิดและตัดสินโทษประหารชีวิต[23]

วันที่ 21 มิถุนายน พ.ศ. 2549 หัวหน้าทนายความฝ่ายจำเลยของซัดดัมถูกลอบสังหารในกรุงแบกแดด ซัดดัมเริ่มอดอาหารประท้วงต่อการขาดการคุ้มครองต่อทนายความระหว่างประเทศ วันที่ 23 มิถุนายน พ.ศ. 2549 มีรายงานว่าเขายุติการอดอาหารประท้วง โดยไม่ทานอาหารหนึ่งมื้อ[24]

วันที่ 27 มิถุนายน พ.ศ. 2549 ทนายของซัดดัมสองคนซึ่งเป็นชาวอเมริกัน จัดการแถลงข่าวที่สมาคมสื่อแห่งชาติในกรุงวอชิงตัน ดี.ซี. เรียกร้องความปลอดภัยอย่างเร่งด่วนสำหรับทนายฝ่ายจำเลยอิรักทุกคน และร้องเรียนในถ้อยแถลงเป็นลายลักษณ์อักษรว่าการพิจารณาอยุติธรรม และกำลังดำเนินการโดยทางการหสรัฐซึ่งใช้ชาวอิรักเป็นฉากหน้า ทนายความทั้งสองอ้างว่าสหรัฐอเมริกาปฏิเสธจะให้การคุ้มครองทนายฝ่ายจำเลยอย่างเพียงพอ แม้มีการร้องขอซ้ำแล้วซ้ำเล่า และสหรัฐอเมริกาเจตนาค้ำการพิจารณาอยุติธรรมนี้[25]